喀纳斯河的源头是友谊峰，终点是额尔齐斯河。喀纳斯湖其实是布尔津河的一部分，为其上游段，习惯上称其上游段为喀纳斯河。喀纳斯河是布尔津河的主要支流，河的上源就是喀纳斯湖。流向布尔津县，进入布尔津县的河段名称叫做布尔津河，在布尔津县流入额尔齐斯河。

喀纳斯湖横穿于一条典型的亚寒带高山河谷。在其周围2000平方公里内，是我国唯一的古北界高寒带植物分布区，生存有1000多种植物，300多种兽类和100多种飞禽。

湖中生长9种罕见的冷水鱼，被称为“湖怪”的大红鱼哲罗鲑因硕大，能吃掉湖中野鸭、岸边小牛而使喀纳斯“湖怪”名闻天下。喀纳斯湖被中国国家地理评为最美湖泊第二名。

喀纳斯湖处在阿尔泰山的西南逆风区，受到大西洋与北冰洋湿润气流的影响，平均年降水量达1065毫米之多。因为海拔和纬度都比较高，气候寒冷，这里的降水多以固态形式降下，降雪十分丰富。从每年10月到来年3月，山地积雪深度可达1～2米。