巫姓起源主要有四种说法，一是源自上古医药始祖，黄帝时期有一位宰相叫做巫彭，他非常精通医术，被奉为医神，子孙就传承了巫姓。二是源自鲁国贵族叔肸，叔肸的曾孙叫做公巫召伯，他的子孙以祖先号为姓。三是源自官职名，商朝设有官位叫做“巫咸”，子孙以祖先官为姓。四是源于蒙古族，属于汉化改姓为氏。

巫姓在大陆没有列入百家姓前一百位，在台湾位列百家姓第八十五位。巫人的后代中有以官职为姓氏的，称为巫氏，是今天巫姓的主要来源。商朝时，巫在朝廷中的地位相当高，大臣巫咸和他的儿子巫贤都是商朝的重要大臣，他们的后人称为巫氏。